Aunque algunos signos clínicos y lesiones son característicos, en ocasiones pueden confundirse con los de otras enfermedades equinas. Por ello, el diagnóstico de la Peste equina basado en técnicas de laboratorio es esencial. Existen varias técnicas para el diagnóstico de la Peste equina, tanto serológicas como de identificación del agente. Si es posible, debe realizarse más de una prueba para diagnosticar un brote de Peste equina, especialmente el primer caso.
El diagnóstico del serogrupo es el primer paso a realizar. La RT-PCR en tiempo real y el ELISA son las técnicas mínimas recomendadas por el EURL para ser establecidas en los laboratorios nacionales de referencia de la UE.
Posteriormente, el segundo paso es el diagnóstico del serotipo. Es importante su determinación para implementar un programa de vacunación lo antes posible, teniendo en cuenta que las vacunas comerciales disponibles son específicas para cada serotipo.
Finalmente, para determinar la cepa específica, se debe realizar una caracterización adicional, basada principalmente en la secuenciación del genoma.