Actualmente, los métodos basados en la detección de ácidos nucleicos han mejorado mucho el diagnóstico de laboratorio de la Peste equina, al aumentar la sensibilidad de la detección y acortar el tiempo necesario para el diagnóstico. De hecho, la RT-PCR es el método de elección para la confirmación de los casos clínicos.
La RT-PCR es una técnica muy sensible que permite identificar rápidamente el ácido nucleico del virus de la Peste equina en la sangre y otros tejidos de los animales infectados. La extracción de los ácidos nucleicos de las muestras clínicas puede realizarse mediante diversos métodos propios y comerciales.
Se han publicado varios métodos de RT-PCR en gel y de RT-PCR en tiempo real dirigidos a segmentos virales conservados. En 2015, los Laboratorios de Referencia de la OIE para la Peste equina llevaron a cabo un ensayo interlaboratorio para recopilar información sobre el rendimiento de los diferentes métodos utilizados en los principales laboratorios de diagnóstico del virus de la Peste equina. Se evaluaron diez protocolos diferentes de RT-PCR. En general, se obtuvieron muy buenos resultados destacando los métodos de RT-PCR en tiempo real descritos por Agüero et al., 2008 y Guthrie et al. 2013. Estos métodos están validados para la certificación de animales individuales antes de su traslado.
Tras la primera detección del genoma de la Peste equina, es especialmente importante realizar el aislamiento del virus, y así disponer de la cepa para estudios posteriores de caracterización.
En cuanto a la serología, actualmente no hay ningún método establecido para diferenciar a los animales infectados de los vacunados (DIVA). Aunque las herramientas serológicas pueden utilizarse para confirmar un caso clínico o demostrar que un animal está libre de la infección antes de su traslado, los objetivos principales de los métodos serológicos son: estudios de prevalencia de la infección (incluyendo programas de vigilancia) y ensayos post-vacunación.
Aunque en el pasado se han utilizado métodos como la prueba de fijación del complemento, actualmente su uso ha disminuido de forma notable y el ELISA lo ha sustituido en la mayoría de laboratorios debido a su mayor sensibilidad, así como la facilidad para su estandarización. El Manual OIE describe las pruebas ELISA de bloqueo e indirecto, pero actualmente el ELISA de bloqueo es el único formato disponible comercialmente.