El diagnóstico clínico de la lengua azul se basa en la presentación de edemas, ulceraciones y lesiones epiteliales. Por lo general, estos signos y lesiones clínicas no son patognomónicos y pueden confundirse con los de otras enfermedades de los rumiantes, como el ectima contagioso, la fiebre catarral maligna o incluso otras enfermedades relevantes de declaración obligatoria como la fiebre aftosa o la peste de pequeños rumiantes. Por lo tanto, el diagnóstico de laboratorio es esencial.
A pesar de los avances en las técnicas de biología molecular, algunos métodos de diagnóstico tradicionales para la detección e identificación del VLA siguen vigentes. Aunque se han desarrollado diferentes métodos para la detección de la infección por el VLA, basados en la detección de anticuerpos o del virus, sólo algunos de ellos, ampliamente validados, son utilizados masivamente por los laboratorios oficiales para su control.
Desde el punto de vista de la vigilancia y control de la enfermedad, el diagnóstico del serogrupo es el primer paso a realizar. La RT-PCR en tiempo real y el ELISA son las técnicas mínimas recomendadas por el EURL para ser establecidas en los laboratorios nacionales de referencia de la UE.
El segundo reto en el diagnóstico es la identificación del serotipo entre los diferentes serotipos del VLA, para implementar el programa de vacunación lo antes posible, teniendo en cuenta que las vacunas comerciales disponibles son específicas para cada serotipo.
Finalmente, se debe realizar una caracterización adicional, basada principalmente en la secuencia del genoma, para determinar la cepa específica.
Debido a la intensa vigilancia de la lengua azul en los últimos años, se han detectado algunas cepas atípicas del VLA (no notificables), que suponen un reto para el diagnóstico y la comprensión de la infección por el VLA.