La documentación más antigua se refiere a una epidemia del virus de la Peste equina en Oriente Medio, en 1327. Los informes posteriores sobre esta enfermedad se produjeron tras la introducción de caballos en el centro y sur de África durante el siglo XVII.
Desde la época moderna hasta la actualidad, el virus de la Peste equina se ha hecho endémico en las zonas tropicales y subtropicales de África hasta el sur del Sahara. Sólo se han producido incursiones ocasionales al norte de África o a la Península Arábiga. Sin embargo, en el periodo de 1959 a 1961, el serotipo 9 del VPE se expandió fuera de África y se extendió en una amplia franja por Arabia Saudí, Siria, Líbano, Jordania, Irak, Turquía, Chipre, Irán, Afganistán, Pakistán e India.
En 1965, el virus se extendió de nuevo más allá de sus zonas endémicas subsaharianas y apareció primero en Marruecos, diseminándose después a Argelia y Túnez, antes de cruzar a España, en octubre de 1966. Se cree que la aparición del virus de la Peste equina en el norte de África se debe a los movimientos de los nómadas.
En julio de 1987 se notificó un brote de Peste equina debido al serotipo 4 del virus en el centro de España. Al parecer, el brote fue causado por la importación de varias cebras subclínicas infectadas procedentes de Namibia. El virus persistió en la zona durante al menos tres años, pasando el invierno cuatro veces, y se produjeron otros brotes más graves en España durante 1988, 1989 y 1990, en Portugal en 1989 y en Marruecos en 1989, 1990 y 1991.
En febrero de 2020 se notificó a la OIE el primer brote de Peste equina en Tailandia, producido por el serotipo 1 y que afectó a 191 equinos y causó 175 muertes.