A la estructura del ministerio se incorpora la Secretaría de Estado de Agricultura y Alimentación, que tiene entre sus funciones la gestión de las políticas relacionadas con el impulso del desarrollo rural
Se han establecido nuevos órganos como la División de Formación Agroalimentaria y Asuntos Horizontales, la Subdirección General de Laboratorios de Sanidad Animal y Vegetal y la División de Bienestar Animal
En el ámbito de la Secretaría General de Pesca se ha constituido un órgano encargado directamente de la proyección ambiental de las medidas pesqueras
El Consejo de Ministros ha aprobado un real decreto que desarrolla la estructura orgánica básica del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, que define el diseño de la organización interna de los órganos superiores y directivos, así como el reparto de las funciones que les corresponden a cada uno de ellos y de sus órganos dependientes. Con la aprobación de esta norma se completa el diseño institucional del ministerio y la concreción de sus funciones para desarrollar el programa de legislatura. De esta forma, se establecen como órganos superiores del ministerio la Subsecretaría de Agricultura, Pesca y Alimentación; la Secretaría de Estado de Agricultura y Alimentación; la Secretaría General de Pesca y la Secretaría General de Recursos Agrarios y Seguridad Alimentaria (antigua Secretaría General de Agricultura y Alimentación). En línea generales, el ministerio mantiene la estructura anterior, a la que se incorpora la nueva Secretaría de Estado de Agricultura y Alimentación, reflejo de la importancia estratégica que el sector tiene para este Gobierno, que, bajo la dependencia directa del ministro, tiene entre sus funciones la gestión de las políticas relacionadas con el impulso del desarrollo rural. Para ello, se adscribe a esta secretaría de Estado la Dirección General de Desarrollo Rural, Innovación y Formación Agroalimentaria (anteriormente dependiente de la Secretaría General de Agricultura y Alimentación). En el ámbito de esta dirección general se ha creado una nueva División de Formación Agroalimentaria y Asuntos Horizontales, con el objetivo de priorizar las políticas encaminadas a mejorar las condiciones de vida en el medio rural y que son un pilar de la nueva Política Agraria Común (PAC). En marco de la Secretaría General de Recursos Agrarios y Seguridad Alimentaria se han establecido nuevos organismos y se han llevado a cabo reajustes de competencias internas y entre sus direcciones generales, al objeto de lograr una mayor eficacia en el desempeño de las funciones asignadas. Así, dentro de la Dirección General de Sanidad de la Producción Agroalimentaria y Bienestar Animal, se ha constituido una nueva Subdirección General de Laboratorios de Sanidad Animal y Vegetal, que permitirá aglutinar las funciones en este importante ámbito, en especial para la proyección exterior de las producciones españolas. También se ha creado una nueva División de Bienestar Animal para dar respuesta al creciente número de funciones ligadas a esta cuestión dentro de las competencias del ministerio. En lo que se refiere a la Secretaría General de Pesca, se ha constituido un órgano encargado directamente de la proyección ambiental de las medidas pesqueras, para asegurar su mejor despliegue. Asimismo, algunas subdirecciones generales cambian su denominación para reflejar de una manera más adecuada su ámbito competencial. Ese es el caso de la nueva Subdirección General de Investigación Pesquera y Recopilación de Datos, antigua Subdirección General de Investigación Científica y Reservas Marinas; o la Subdirección General de Control e Inspección y Lucha contra la Pesca Ilegal, antes denominada Subdirección General de Vigilancia Pesquera y Lucha contra la Pesca Ilegal.