Los métodos de ensayo y diagnóstico se establecen en función de su idoneidad para sus necesidades específicas y vienen definidos por la normativa europea o son aquellos internacionalmente reconocidos, incluidos los aceptados por el Comité Europeo de Normalización (CEN), los métodos desarrollados o recomendados por los laboratorios de referencia de la Unión Europea, por la Organización Mundial de la Sanidad Animal (OMSA) y la Organización Europea y Mediterránea para la Protección Vegetal (EPPO).
Cada uno de los métodos de ensayo y diagnóstico están sometidos a controles internos de funcionamiento que aseguran la validez del fin previsto en el día a día, realizando, por ejemplo, ensayos por duplicado o comparaciones con muestras de valor conocido o materiales de referencia certificado. Todos ellos están sometidos a un régimen de auditorías externas por la Entidad Nacional de Acreditación (ENAC).