Tras la Declaración de Cork , la aceleración de los acuerdos GATT con su consecuencia : la globalización de intercambios comerciales a nivel mundial, la mayor exigencia en la calidad de los alimentos por parte de los consumidores y la perspectiva de la ampliación comunitaria ;se abrió un nuevo periodo en el que se enmarcaban las propuestas de la Agenda 2000 que convertía a la Política de Desarrollo Rural en el segundo pilar de la Política Agraria Comunitaria.
Sus principios fundamentales eran:
Una de las principales innovaciones de esta política consiste en el método adoptado, que persigue una mayor integración de las distintas actuaciones con objeto de garantizar un desarrollo armonioso del ámbito rural europeo en su conjunto. Dicho desarrollo gira en torno a tres grandes ejes:
Las medidas complementarias o de acompañamiento antes financiadas por la Sección de Garantía del FEOGA (Fondo Europeo de Orientación y Garantía Agrícola) se completaban con ayudas para las regiones desfavorecidas y las zonas retrasadas.
Todas estas medidas se debian aplicar horizontalmente y de forma descentralizada.
Para las zonas rurales dentro del objetivo nº 1 (con menos del 75% de renta media comunitaria) los Fondos Estructurales, se mantenían según el sistema anterior.
En cuanto a las zonas rurales encuadradas en el nuevo objetivo nº 2 (con renta superior al 75% de la renta media comunitaria - antiguos objetivos 5a y 5b), las medidas adoptadas serían financiadas por la Sección de Garantía del FEOGA.
Es decir,en terminos generales,la cofinanciación general de las zonas de objetivo 1 correría a cargo de la sección Orientación del FEOGA, del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), el Fondo Social Europeo (FSE) y el Instrumento Financiero de Orientación de la Pesca (IFOP) y por último, todas las medidas adoptadas en favor de las regiones rurales que no pudieran acogerse a los Fondos Estructurales serian cofinanciadas por la Sección de Garantía del FEOGA.
Por otra parte, con el fin de integrar mejor la dimensión ambiental en el funcionamiento de las organizaciones comunes de mercados, la nueva reforma autorizaba a los Estados miembros para que condicionaran los pagos directos al cumplimiento de la normativa medioambiental.
Los Estados miembros deberían velar para que los agricultores demostraran que no ejercen de sus actividades únicamente para beneficiarse de las ayudas concedidas por los regímenes de apoyo.