La disponibilidad de un método de detección específico, sensible, robusto y viable es un requisito imprescindible para lograr la autorización de comercialización de un producto OMG. Debe ser aportado por el interesado en su solicitud, y ser validado por parte del Laboratorio de Referencia. Además, también es necesario contar con dicha metodología para la realización de los controles oficiales.
La Red Europea de Laboratorios OMG (ENGL), a petición de la Comisión Europea, elaboró en 2019 y 2023 sendos informes sobre la detección de productos procedentes de plantas modificadas mediante nuevas técnicas genómicas. Los informes se centran principalmente en la detección de productos obtenidos por edición genómica, al ser los que presentan más desafíos. Mientras que el informe de 2019 está basado principalmente en consideraciones teóricas, el informe de 2023 incorpora la evidencia científica acumulada en los últimos años, y entra a valorar las posibilidades ofrecidas por nuevas estrategias de detección basadas en PCR cuantitativa, PCR digital, secuenciación y CRISPR-Cas.
A pesar de algunos éxitos particulares obtenidos, la ENGL considera que existen limitaciones clave para el desarrollo de métodos de detección y que su implementación y aplicación generalizada no es viable en la mayoría de casos. En concreto, se identifican las siguientes dificultades: