En el periodo de programación 2000-2006 se aplican en las regiones de Objetivo 1 un total de 10 Programas Operativos (siendo el de Cantabria de transición desde Zona de Objetivo 1 a Zona Fuera de Objetivo 1, que incluye además las medidas horizontales excepto las de acompañamiento), a los que se suman 7 Programas de Desarrollo Rural en Zonas de Regiones Fuera de Objetivo 1. En virtud de su régimen fiscal, los Programas de Desarrollo Rural de País Vasco y Navarra incluyen, además, las medidas de acompañamiento y las medidas incluidas en el Programa de Mejora de Estructuras de Fuera de Objetivo nº 1, con la excepción de la Gestión de Recursos Hídricos en Navarra, que sí se encuentra en el programa horizontal.